Поисковики видят именно исходный код страниц и извлекают из него тексты статей и другие элементы, которые в итоге и отвечают за выдачу вашего сайта. Если исходный код будет недостаточно правильным, то у вас могут возникнуть сложности с продвижением сайта.
Однако учитывайте, что все хорошо в меру и идеальных по коду сайтов не бывает в природе. Поэтому не надо особенно пугаться, если при проверке валидности обнаружатся ошибки. Это вполне нормально и допустимо.
Для примера — посмотрите результаты проверки сайта самого Яндекса по этим же параметрам:
А вот результаты проверки на валидность вёрстки официального сайта банка ВТБ24 (на 2015 год — во время написания статьи):
